Trong Rise of the Argonauts, người chơi sẽ đóng vai nhân vật chính Jason được miêu tả như một vị vua xứ Iolcus. Hôn thê của Jason, một công chúa chiến binh được gọi là Alceme Enialios, con gái của một vị vua Mycenean mang tên Lycomedes, bị ám sát vào ngày cưới. Jason trả thù cho Alceme bằng cách giết chết tên sát thủ, kẻ đã dẫn đầu một cuộc tấn công không rõ nguyên nhân của lính đánh thuê từ Ionia—và bắt đầu điều tra giáo phái ngày tận thế của những kẻ thờ phụng Hecate mà sát thủ được kết nạp làm thành viên. Jason phong ấn xác của Alceme trong ngôi đền nơi hai người đã kết hôn, và nó trở thành lăng mộ của Alceme. Jason nhanh chóng phát hiện ra rằng cách duy nhất để mang vợ mình trở lại là lấy Bộ lông cừu vàng, vì người ta nói rằng một mình Bộ lông cừu có thể xóa bỏ các sự kiện đã xảy ra. Khởi hành đến Delphi, Jason được nhà tiên tri mách bảo rằng cách duy nhất để đi trên con đường lần mò Bộ lông cừu là tìm thấy ba hậu duệ của ba vị thần bảo trợ của mình: Hermes, Ares và Athena. Hậu duệ của Hermes được tìm thấy trên Saria, hậu duệ của Athena trên Kythra, trong lúc hậu duệ của Ares nằm ngay tại Mycenae. Sau khi thuyết phục tất cả họ tham gia cùng mình, Jason lại đến Delphi lần nữa và biết tin Bộ lông cừu đang ở Tartarus, Địa ngục Âm phủ Hy Lạp. Sau khi lấy được nó, Jason đi thuyền về nhà để hồi sinh Alceme. Anh phải đối mặt với Pelias, người chú phản bội của mình. Trong suốt cuộc hành trình này, Jason sẽ đối đầu với Blacktongues, kẻ đứng sau vụ ám sát Alceme, lính đánh thuê Ionia, các con thú thần thoại và các nhân vật khác, nhưng anh không hề đơn độc một mình mà có thêm những người bạn đồng hành trong nhóm Argonaut.[5]